Bacharel em teologia pelo Seminário Presbiteriano do Sul, em Campinas, Mestre em Teologia e Doutor em Filosofia (Ph.D.) pelo Seminário Teológico de Princeton (EUA) e psicanalista. Lecionou no Instituto Presbiteriano Gammon, na cidade de Lavras, Minas Gerais, no Seminário Presbiteriano de Campinas, na Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Rio Claro e na UNICAMP, onde recebeu o título de Professor Emérito. Tinha um grande número de publicações, tais como crônicas, ensaios e contos, além de ser ele mesmo o tema de diversas teses, dissertações e monografias. Muitos de seus livros foram publicados em outros idiomas, como inglês, francês, italiano, espanhol, alemão e romeno.
Com formação eclética, transita pelas áreas de teologia, psicanálise, sociologia, filosofia e educação. Após ter lecionado em universidades, tinha um restaurante (a culinária foi uma de suas paixões e tema de alguns de seus textos), viveu em Campinas, onde mantinha um grupo, chamado Canoeiros, que se encontra semanalmente para leitura de poesias.
Sua mensagem é direta e, por vezes, romântica, explorando a essência do homem e a alma do ser. É algo como um contraponto à visão atual de homo globalizadus que busca satisfazer desejos, muitas vezes além de suas reais necessidades.
"Ensinar" é descrito por Alves como um ato de alegria, um ofício que deve ser exercido com paixão e arte. É como a vida de um palhaço que entra no picadeiro todos os dias com a missão renovada de divertir. Ensinar é fazer aquele momento único e especial. Ridendo dicere severum: rindo, dizer coisas sérias2 Mostrando que esta, na verdade é a forma mais eficaz e verdadeira de transmitir conhecimento. Agindo como um mago e não como um mágico. Não como alguém que ilude e sim como quem acredita e faz crer, que deve fazer acontecer.
Em alguns de seus textos, cita passagens da Bíblia, valendo-se de metáforas. No site A Casa de Rubem Alves encontram-se releituras e discussões de suas obras.
É cidadão honorário de Campinas onde recebeu a Medalha Carlos Gomes de contribuição à cultura.